한편, 해당 소송의 판결문에 따르면 소송을 제기한 원고(기독교계) 측은 피고(세종시청)를 상대로 지방자치법 제17조 제2항 제 1호에 따라 이 사건 지원계획의 이행중지를 구했다.

쟁점은 크게 건립 예정 부지를 십 여 년 전 조계종이 사들였고 이를 다시 한국토지주택공사가 체험관 건립을 위해 보상금을 지급하면서 불교계를 위한 특혜 의혹에서 비롯했다.

다시 말해 체험관이 문화시설과 종교시설 중 어느 곳에 해당하는 지에 대한 위법성 판단으로 모아졌다. 

원고는 피고가 이 사건 지원계획에 따라 부지를 십 여년 전 사들인 조계종이 분양으로 보조금을 지급받은 사실에 대한 손해배상청구 또는 부당이득반환청구를 요구했다. 

또 체험관 건립 자체가 종교시설로서 기본적으로 특혜 부여에 해당한다고 보고, 정교분리 원칙 내지 공무원의 종교 중립 의무 위반에 해당된다고 주장했다.

이 같은 근거로 체험관을 종교시설로 판단하고 문화기본법과 문화예술진흥법에 따른 지원 대상 문화시설에 해당하지 않는다고 판단했다. 이 지역은 전통사찰법에 따른 전통사찰 허가가 나지 않았을 뿐 아니라 전통문화도 전무한 지역이란 설명도 덧붙였다. 

하지만 이와 관련, 피고인 세종시청은 체험관은 순수 종교시설이 아니라 문화시설에 해당하며 전통사찰법을 이 사건 지원계획의 근거로 내세운 바 없고 S-1 생활권의 지침대로 특화종교시설용지로서 복합종교시설이 건립되는데 있어 지침 위반이 아니란 반박을 해왔다. 

부지 공급은 참가인과 한국토지주택공사 사이의 사법상 매매계약이기 때문에 세종시와 아무런 관련이 없다는 반론도 제기했다. 

이에 법원은 오늘날 종교 의식 또는 행사가 하나의 사회공동체 문화적인 현상으로 자리잡고 있다는데 주목했다. 

어떠한 의식과 행사, 유형물 등이 비록 종교의식에서 유래됐다고 하더라도, 이미 우리 사회에서 관습화된 문화요소로 인식됐다면 이는 정교 분리 원칙이 적용되는 종교의 영역이 아니라 헌법적 보호가치를 지닌 문화의 의미를 갖게 된다고 판단했다.

이러한 이유로 국가 등의 지원은 일정 범위 내에서 전통문화의 계승 발전이라는 문화국가 원리에 부합한다고 봤다.

체험관 활동이 불교 포교를 위한 종교적 활동이란 원고 측 주장에 대해서도 종교행위만을 목적으로 하는 시설과 문화, 복지 시설은 물리적으로 구분돼 건축될 예정이란 사정과 활동의 형태와 내용 등에 비춰 종교적 측면만 가지고 있다고 보기 어렵다고 진단했다. 

결과적으로 세종전통문화체험관은 대한민국 역사·문화·사회적으로 불교가 차지하는 비중을 고려할 때, 문화 영역에 포섭될 여지가 충분히 있다고 해석했다.