검찰에 따르면 정 전 총장은 참모총장 재직 시절이던 지난 2008년 8월부터 2010년 3월까지 총 27차례에 걸쳐 해군 복지기금 5억 2670억원을 횡령한 혐의다.
정 전 청장은 2008년 3월 21일부터 2010년 3월 19일까지 해군 참모총장으로 근무했다.
검찰은 지난 2월쯤 대검 중수부로부터 사건을 이첩받아 수사해 왔다.
검찰 관계자는 "횡령 금액 전액을 공탁했고 자백하고 있으며 조사에 성실히 응한 점 등을 참작해 불구속 기소했다"고 말했다.