농업용저수지는 깨끗하고 안전한 농업용수 공급의 목적과 더불어 주민의 휴식, 문화의 공간으로 가치를 인정받고 있다.

이에 한국농어촌공사는 농업용 호수 수질 개선을 위해 공사 관리 3411개 저수지를 대상으로 정기적인 수질조사로 수질이 지속적으로 악화되는 총 87개 저수지에 대한 수질개선사업을 시행해 왔다.

수질개선사업은 인공습지, 침강지 등 자연정화기능을 적극 이용해 유지관리가 쉽고 주변 경관과 조화를 이루도록 설계했고, 오염물질 유입특성, 호소형태, 상류오염대책 등 유역환경을 고려한 종합적 수질보전대책으로 추진하고 있다.

농어촌공사 충남지역본부(본부장 안중식)는 지난 2008년부터 수질개선 대상 저수지 28개 지구를 선정해 2019년까지 14개 지구 수질개선사업을 완료했으며, 올해는 당진 초대저수지 등 9개 지구(89억)를 시행 중이다. 수룡저수지, 전대저수지 2지구는 기본계획을 수립 중이다.

2014년 준공된 충남 아산 도고저수지는 총유기탄소농도가 수질기준(농업용수Ⅳ등급, 6mg/L)을 넘었으나, 인공습지와 침강지를 활용한 자연정화형 수질개선사업으로 2019년 4.1mg/L로 크게 개선됐다.

농어촌공사 충남지역본부는 지난 1월부터 본부 내 환경전담조직인 환경사업부를 신설함으로써 관내 저수지 수질환경보전 및 환경영향평가, 토양환경조사 등 환경업무 전반에 대한 신속하고 적극적인 기술지원을 하고 있다.